1979. Η υποχρεωτική μετατροπή όλων των ποδοσφαιρικών ομάδων σε ΠΑΕ, φέρνει τον Γιώργο Βαρδινογιάννη στις 17 Ιουλίου να αποκτά την πλειοψηφία των μετοχών της ομάδας. Ο «καπετάνιος», διαδέχτηκε στην προεδρεία τον Τζακ Νικολαΐδη και παρέμεινε εκεί για τα επόμενα 21 χρόνια.
1981. Μια από τις σημαντικότερες επενδύσεις για την εξέλιξη της ομάδας, είναι η δημιουργία του πρωτοποριακού αθλητικού κέντρου της Παιανίας. Ταυτόχρονη δημιουργία ακαδημίας ποδοσφαίρου που «εμπλούτιζε» με παίκτες την Εθνική Ελλάδος και κολακευτικά σχόλια από πολλούς ευρωπαϊκούς συλλόγους για την Παιανία, που παραμένει ακόμη και τώρα το προπονητικό κέντρο της ομάδας. Το οποίο, δημιουργήθηκε με χρήματα από την οικογένεια Βαρδινογιάννη και όχι της ΠΑΕ.
1984. Μετά από εφτά χρόνια απουσίας στους τίτλους, η ομάδα ποδοσφαίρου επιστρέφει στην κορυφή, κατακτώντας πανηγυρικά το νταμπλ, με προπονητή τον Γιάτσεκ Γκμοχ.
1985. Ο Παναθηναϊκός παίρνει τον Δημήτρη Σαραβάκο από τον Πανιώνιο, που εξελίχθηκε σε έναν από τους πιο αναγνωρίσιμους ποδοσφαιριστές στην ιστορία της ομάδας. Με αυτόν οδηγό, οι «πράσινοι» φτάνουν μέχρι τα ημιτελικά του Κυπέλλου Πρωταθλητριών πετώντας έξω ομάδες όπως οι Φέγενορντ και Γκέτεμποργκ. Την ίδια σεζόν, ο Παναθηναϊκός έχασε το ελληνικό πρωτάθλημα, αποδεικνύοντας πως δύο καρπούζια, δεν χωρούν στην ίδια μασχάλη.
1986. Νταμπλ από τον Παναθηναϊκό, το οποίο συνοδεύτηκε από την αξέχαστη-ιστορική νίκη με 4-0 στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας, επί του Ολυμπιακού.
1988. Ο Παναθηναϊκός είναι η ομάδα έκπληξη του Κυπέλλου Ουέφα, αποκλείοντας τις Οσέρ, Γιουβέντους και Χονβεντ κατά σειρά. Η Οσέρ είχε στις τάξεις της τον Ερίκ Καντονά, η Γιουβέντους θεωρείτο μία από τις μεγαλύτερες ομάδες της Ευρώπης, ενώ την Χόνβεντ, την απέκλεισε με μια από τις πιο ιστορικές ανατροπές της ιστορίας του. Οι «πράσινοι» ηττήθηκαν με 5-2 στην Ουγγαρία και στην ρεβάνς του ΟΑΚΑ, το «τριφύλλι» διέσυρε με 5-1 τους Ούγγρους, περνώντας στην επόμενη φάση, οπού αποκλείστηκε από τον κακό του δαίμονα, την Βελγική Μπριζ. Την ίδια χρονιά, κατέκτησε το κύπελλο Ελλάδος νικώντας με 4-3 στα πέναλτι τον Ολυμπιακό.
1992. Έχοντας αναδειχθεί πρωταθλητής Ελλάδος τις 2 προηγούμενες χρονιές(90’, 91’), ο Παναθηναϊκός, ήταν παρών στην πρώτη πειραματική χρονιά του Τσάμπιονς Λιγκ. Κατάφερε να συμμετάσχει στους 8, έχοντας αποκλείσει τη Ρέικιαβικ και την Γκέτεμποργκ. Σε όμιλο με Σαμπντόρια, Ερυθρό Αστέρα(κάτοχος) και Άντερλεχτ, σημείωσε 4 ισοπαλίες και 2 ήττες μένοντας στις οχτώ καλύτερες ομάδες της Ευρώπης.
1995. Νταμπλ για τον Παναθηναϊκό (και τρίτο σερί Κύπελλο Ελλάδας), αποδίδοντας εκπληκτικό ποδόσφαιρο κι έχοντας πάρει πρωτάθλημα σχεδόν από τον… πρώτο γύρο.
1996. Ο Παναθηναϊκός έφτασε μέχρι τα ημιτελικά του Τσάμπιονς Λιγκ. Συμμετείχε σε όμιλο με Πορτο, Ναντ και Άαλμποργκ οπού προκρίθηκε ως πρώτος. Στη συνέχεια, απέκλεισε την Λέγκια Βαρσοβίας και κληρώθηκε με τον Άγιαξ. Κέρδισε με 1-0 μέσα στο Άμστερνταμ, σπάζοντας ταυτόχρονα το αήττητο της καλύτερης ομάδας του πλανήτη επί δύο χρόνια αλλά οι απουσίες και η ανωτερότητα του «Αίαντα», τον λύγισαν.
1997. Μεγάλο λάθος του Γιώργου Βαρδινογιάννη που άφησε τους στυλοβάτες της προηγούμενης πορείας να ξενιτευτούν σε άλλες ομάδες. Εποχή, που οι μουρμούρες των οργανωμένων ξαναφούντωσαν.
2000. Ο Γιώργος Βαρδινογιάννης αποχωρεί από την προεδρεία του Παναθηναϊκού, κάτω από ασφυκτικές πιέσεις, αφού η κόντρα του με τους οργανωμένους οπαδούς της ομάδας έχει πάρει… φωτιά. Πρόεδρος για την επόμενη τριετία (2000-2003), ο Άγγελος Φιλιππίδης, o οποίος είναι επιλογή του Γιάννη Βαρδινογιάννη, που αναλαμβάνει το τιμόνι της ομάδας αλλά δεν θέλει να φαίνεται.
2001. Ακόμη μια ευρωπαϊκή πορεία. Στα προκριματικά του Τσάμπιονς Λιγκ ο Παναθηναϊκός απέκλεισε την Πολώνια Βαρσοβίας. Στη συνέχεια, κληρώθηκε σε όμιλο με Γιουβέντους, Λα Κορούνια και Αμβούργο και προκρίθηκε την τελευταία αγωνιστική, με την ιστορική νίκη με 3-1 εναντίον των «Γιουβεντίνων». Στους ομίλους της επόμενης φάσης του Τσάμπιονς Λιγκ, το τριφύλλι κληρώθηκε με Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, Βαλένθια και Στουρμ Γκράτς και αποκλείστηκε με ψηλά το κεφάλι.
2002. Σε μια φοβερή ευρωπαϊκή πορεία, ο Παναθηναϊκός απέκλεισε την Σλάβια Πράγας στα προκριματικά, πέρασε από τους ομίλους ως πρώτος με αντιπάλους τις Άρσεναλ, Σάλκε και Μαγιόρκα, πέρασε και από τους δεύτερους ομίλους με αντιπάλους τις Ρεάλ Μαδρίτης, Πόρτο και Σπάρτα Πράγας και κληρώθηκε με την Μπαρτσελόνα στα προημιτελικά της διοργάνωσης. Κέρδισε τους «μπλαουγκράνα» με 1-0 στην Αθήνα και στάθηκε τρομερά άτυχος με το 3-1 της Βαρκελώνης, χάνοντας πολλές ευκαιρίες στο τέλος της αναμέτρησης που θα τον έφερναν στα ημιτελικά της διοργάνωσης.
2003. Τρίτη διαδοχική καλή πορεία για τον Παναθηναϊκό που έφτασε στους «οχτώ» του Κυπέλλου Ουέφα και αποκλείστηκε από την Πόρτο του Μουρίνιο ο οποίος στο βιβλίο του έγραψε πως η δυσκολότερη ομάδα που απέκλεισε ήταν ο Παναθηναϊκός.
2003. Ένα ακόμη μεγάλο σφάλμα της οικογένειας ήταν το «ξήλωμα» της ομάδας που έχασε το πρωτάθλημα του 2003. Παρά το γεγονός πως το πρωτάθλημα χάθηκε με τα γεγονότα της Ριζούπολης και αυτό έγινε «σημαία» για τις σωστές διαμαρτυρίες, τελικά την πλήρωσαν παίκτες-κλειδιά της ομάδας. Σημείο, στο οποίο απομακρύνθηκε και ο Άγγελος Φιλιππίδης από την προεδρεία πληρώνοντας την «μη προστασία» στη «ζούγκλα» του παιχνιδιού με τον Ολυμπιακό. Περίοδος, που ανέλαβε ο Αργύρης Μήτσου.
2004. Ο Παναθηναϊκός επέστρεψε στους τίτλους στην Ελλάδα μετά τη κυριαρχία του Ολυμπιακού επί 7 έτη κατακτώντας το νταμπλ, κερδίζοντας στον τελικό του Κυπέλλου τον Ολυμπιακό με 3-1. Κάτι, που αποτελεί την πιο ευχάριστη ανάμνηση του Γιάννη Βαρδινογιάννη, σύμφωνα με όσα είπε στην τελευταία του συνέντευξη Τύπου, αφού κατάφερε να κερδίσει ένα πρωτάθλημα καθαρό, κόντρα στο παρασκήνιο…
2005. Ο Γιάννης Βαρδινογιάννης «βγαίνει» για πρώτη φορά μπροστά, χωρίς να χρειάζεται άλλον να φαίνεται ότι διοικεί, όπως έκανε με τον Φιλιππίδη και τον Μήτσου. Στις 19 Ιουλίου, έδωσε την πρώτη του συνέντευξη Τύπου.
2006. Μια πολύ αμφιλεγόμενη κίνηση του Γιάννη Βαρδινογιάννη, ο οποίος έστειλε ένα μπουκάλι κρασί με την ονομασία "Παράγκα" και ένα dvd με τα διαιτητικά λάθη λίγες μέρες πριν υποδεχτεί στο Καραϊσκάκη ο Ολυμπιακός τον Παναθηναϊκό.
2008. Το καλοκαίρι του 2008, μετά από ασφυκτική πίεση των οπαδών που κάνουν συλλαλητήριο για να φύγει από την ΠΑΕ Παναθηναϊκός η οικογένεια Βαρδινογιάννη, ο Τζίγκερ ανακοινώνει την αύξηση μετοχικού και το άνοιγμα της ΠΑΕ σε όποιον μέτοχο επιθυμεί. Οι επικεφαλής της ΠΕΚ: Ανδρέας Βγενόπουλος, Παύλος και Θανάσς Γιαννακόπουλος μπαίνουν στο σχήμα μαζί με τον Νικόλα Πατέρα, ο οποίος αναλαμβάνει και την πρώτη προεδρεία αυτού του σχήματος